在深層液體發(fā)酵過程中，由于通風和攪拌的原因，加之培養(yǎng)基中的糖、蛋白質和代謝產(chǎn)物等穩(wěn)定泡沫的物質存在，使發(fā)酵過程中產(chǎn)生一定的泡沫，這是正?，F(xiàn)象。但是，如果泡沫過多，特別是通風量較大的發(fā)酵，在菌體生長期和產(chǎn)物合成期，泡沫更為嚴重，給發(fā)酵帶來許多不利的影響。這些不利因素包括:

(1)使反應器的裝填系數(shù)減少。正常的發(fā)酵罐裝料系數(shù)在60-70%，余下的空間就是為了容納泡沫，這一個空間也只能夠容納培養(yǎng)基中10%的發(fā)泡物質產(chǎn)生的泡沫。對于許多酶制劑的發(fā)酵，發(fā)酵罐的裝料系數(shù)更少，只有50%左右。降低了發(fā)酵罐的裝料系數(shù)，就意味著設備利用率降低，生產(chǎn)成本升高。

(2)造成大量逃液，導致產(chǎn)物的損失。大量的泡沫出現(xiàn)，必然引起逃液，逃液就意味著發(fā)酵液的損失，這不斷增加了感染抗菌素的機會，而且也降低了產(chǎn)率。

(3)泡沫“頂罐”有可能使培養(yǎng)基從攪拌的軸封滲出，增加了染菌的機會。大量的泡沫可以從攪拌軸軸封處逃逸，也可隨著尾氣一起排出到大氣中，這就使得發(fā)酵罐的環(huán)境、工廠周圍有了大量的活菌體，這些活的菌體存在于環(huán)境中，就增加了環(huán)境中的抗菌素的濃度，根據(jù)對數(shù)殘留定律，增加了染菌的機會。

(4)增加了發(fā)酵過程中微生物群體的不均一性。由于泡沫造成的液位的變動，以及處于不同的生長狀態(tài)的微生物隨著泡沫的飄浮可能粘在罐壁上，使菌體的生長環(huán)境發(fā)生了變化，有的分化、有的瓦解，影響了菌群的整體性，不利于發(fā)酵的控制。

(5)影響了攪拌的正常進行，妨礙了微生物的呼吸。過多的泡沫產(chǎn)生有可能會引起攪拌槳的空轉，影響攪拌的正常進行。